Untuk menciptakan jaringan kerjasama, Fakultas Ilmu Kesehatan, Universitas Darussalam Gontor telah menandatangani MoU dengan berbagai Universitas maupun Instansi. Adapun Universitas maupun Instansi yang telah menandatangani MoU dengan Fakultas Ilmu Kesehatan, UNIDA Gontor adalah sebagai berikut:
- Rumah Sakit Umum Daerah Caruban Madiun
- Rumah Sakit Haji Jakarta
- Rumah Sakit Islam Sultan Agung Semarang
- Perpustakaan UMS
- Rumah Sakit RSPAD Gatot Soebroto
- Rumah Sakit Dr. Soeroto Ngawi
- Rumah Sakit Moewardi
- UPT K3 Surabaya
- PMI Kabupaten Ponorogo
- RSUD Hardjono
- Qinghai Hui Medical Research Association
- Politeknik Kesehatan kementerian kesehatan malang
- Dinas Kesehatan Kabupaten Ponorogo
- Politeknik Perkeretaapian Indonesia Madiun
- Akademi Analisi Farmasi dan Makanan (AKAFARMA) Sunan Giri Ponorogo
- Rumah Sakit PKU Aisyah Boyolali
- Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Surakarta